扁桃体的防御功能，会随着年龄的增长不断变化。青春期后，人体的免疫功能不断完善，扁桃体的作用会逐渐下降，体积也会有所缩小。
它虽是人体的免疫器官，但仅是咽部免疫淋巴环内的一部分，且当其由防御器官变成感染的侵入门户和病灶时，坏处已大于益处。
当扁桃体出现以下变化时，就应考虑手术切除：
经常发炎，每次都需要打点滴消炎，每年发炎超过4次；
长期低热，全身检查除扁桃体炎外无其他病变者；
扁桃体过度肥大，妨碍呼吸、吞咽者；
扁桃体病变，成为诱发其他疾病的病灶时，如扁桃体炎导致了肾炎。
需要注意的是，急性期的扁桃体炎，不适合做切除手术，可以在急性感染控制后考虑。
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