扁桃体与空气、水、病毒细菌接触较多，身体在过度疲劳、受凉、烟酒过度、有害气体刺激等使抵抗力下降时，扁桃体的上皮防御机能就会减弱，腺体分泌机能降低，扁桃体就会趁机感染发炎。
由于其“得天独厚”的地理位置，一旦扁桃体发炎，常可通过区域性淋巴引流并发咽后脓肿或咽旁脓肿。
如炎症向扁桃体隐窝深部发展，可穿透扁桃体被膜，进入扁桃体周围隙，进而并发扁桃体周围蜂窝织炎，继之形成脓肿。
急性扁桃体炎向上蔓延可引起急性中耳炎、急性鼻炎及鼻窦炎；往下则可引起急性喉气管炎、急性支气管炎，甚至引起肺炎、颈内静脉血栓性静脉炎等。
虽然扁桃体是免疫系统的第一道防线，但当急性扁桃体炎反复发作，演变为慢性扁桃体炎时，它就失去了原有的防御功能。
它还可能成为细菌、病毒的庇护所。若不及时治疗，还可能引发并发症，如慢性肾炎、关节炎、心肌炎、风湿热、长期低热等。
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