1、先天性因素
由于胚胎发育异常，造成输精管管道发育畸形。常见的是先天性附睾发育不良、附睾跟睾丸不相连；还有先天性输精管缺如、先天性输精管闭锁；也有一部分是先天性射精管缺如或先天性精囊缺如。
2、泌尿生殖系统感染
常见的是附睾输精管结核、精囊炎、前列腺炎以及附睾炎等泌尿生殖系统感染，均会连累到输精管道，使得局部出现炎症反应，造成纤维组织增生，管腔变得狭窄，最终导致输精管梗阻。另外，结核杆菌感染或淋球菌感染同样会造成输精管发生炎症性粘连梗阻，从而导致输精管堵塞。
3、肿瘤
发生在输精管道内肿瘤，或是生长在周围的肿瘤，包括附睾肿瘤、前列腺肿瘤以及精囊肿瘤等，随着肿瘤逐渐生长发育，会导致输精管道压迫梗阻或是输精管阻塞。
4、输精管结扎
无生育需求时，有些男性采取输精管结扎方式来避孕。但因为某些因素而后悔，为能恢复生育能力而做输精管再通术。
5、医源性损伤
腹股沟手术会造成不同程度输精管损伤，包括精索静脉结扎、腹股沟淋巴结清扫、睾丸下降固定术以及斜疝手术等。
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