1、先天性子宫畸形
部分先天性子宫畸形易造成先天性子宫内膜薄，这是不可逆因素，根本无法治愈。
2、年龄
子宫内膜薄常见于高龄女性，年龄越大，出现子宫内膜薄的风险就越高。上了年纪后，用于调节生殖系统免疫功能的生物活性有所减少，造成子宫内膜细胞生长以及分化障碍。
3、受到感染
急慢性宫腔感染可破坏子宫内膜基底层，常见的有细菌性感染、支原体和衣原体感染、生殖系统结核感染等，可连累宫颈、卵巢、输卵管以及子宫内膜等多个部位。
4、内分泌失调
由于卵巢早衰或卵巢功能不足而造成雌激素水平低，孕激素分泌不足，生长激素缺乏以及排卵障碍等，均会导致子宫内膜变薄。
5、宫腔操作
凡是会影响子宫内膜的操作均会伤害子宫内膜，导致子宫内膜太薄和宫腔粘连，如人工流产、刮宫、子宫内膜息肉切除术或宫腔镜下肌瘤切除。
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