1、病因不同：
植物神经紊乱由多种病因引起，其中社会心理因素是本病的重要病因，另外本病还与遗传因素、性别因素、疾病因素密切相关；癫痫不是独立的疾病，而是一组疾病或综合征，引起癫痫的病因比较复杂，继发性癫痫病因明确，特发性癫痫病因不明，可能与遗传有关，隐源性癫痫病因未明。
2、症状不同：
大多数植物神经紊乱患者无明显特异症状，涉及心血管系统可表现为心悸胸闷、气促、头晕头痛、记忆力下降，累及消化及泌尿系统则有尿频、尿急、腹痛、腹泻等多种症状，也可有血压、血糖的异常改变；而癫痫的临床表现取决于异常放电的癫痫灶神经元所在脑部位和痫样放电的扩散途径，不同类型的癫痫，具有不同的症状特点，但都有发作性、短暂性、重复性和刻板性四大特征。
3、治疗不同：
植物神经紊乱的治疗要针对其病因，去除诱发因素，必要时给予心理辅导，常用药物包括帕罗西汀、多塞平、维生素B1、谷维素等；而癫痫治疗仍以药物治疗为主，以控制发作或最大限度地减少发作次数，改善生活质量，常用药物包括苯妥英钠、卡马西平、丙戊酸钠等。
除以上区别外，还有检查项目不同、预后不同等，患者如果出现不适建议及时就医，积极进行治疗。
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