1、怀孕
研究发现，怀孕期间做肝穿刺可能会增加早产风险，造成不良妊娠结局或不良胎儿结局，所以需权衡利弊，病情允许的情况下需分娩结束后再做肝穿刺。
2、肝脏囊性病灶
通过影像学检查能鉴别肝脏囊性病变，通常无需做肝穿刺活检。因为囊性病灶可能跟多种结构相通，穿刺相关并发症发生率以及风险高，所以多种检查仍然无法明确，必须排除恶性肿瘤时需做肝穿刺，但需避开囊腔，穿刺病灶的实性成分。
3、肝淀粉样变性
因为早期出现过肝活检术后出血和死亡病例，所以肝淀粉样变性属于禁忌症。若高度怀疑肝脏淀粉样变，需皮下脂肪或直肠活检，原因在于大部分淀粉样变病例属于系统性的。若肝脏淀粉样变性可能性低，肝肿大的病因还是不明确，那么应采取经静脉途径穿刺。
4、大量腹水
太多腹水使得肝脏跟腹壁分离太远，肝穿刺活检后胆汁漏或出血难以被腹腔网膜包裹，进而导致腹腔内大出血或是弥漫性腹膜炎，这种情况下应考虑经静脉途径穿刺。
5、凝血功能障碍
凝血功能跟肝硬化死亡风险呈正相关，用来预测腹腔镜检查术后出血的可能性。不过，多项研究显示凝血功能障碍无法更好的预测侵入性操作术后出血风险。凝血功能延长还需警惕血友病。
6、血小板计数减少
相对而言，血小板计数大于等于50×10的9次方，做肝穿刺活检更为安全。如果血小板计数小于50×10的9次方，那么就会加大侵入性操作术后大出血几率，这种情况下应选择风险比较小的经静脉途径穿刺。若无法达到该技术条件，也可以采取经皮肝穿刺活检。
温馨提示
除了以上风险因素外，患有威胁生命的脏器疾病或功能不全时，如慢性肾衰竭、合并急性肾损伤的失代偿性肝硬化，往往伴有消耗性凝血功能不全及低纤维蛋白血症，穿刺过程中或穿刺后出现并发症的风险高，所以此类患者应暂时停止该检查，等病情改善后再治疗。
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