1、滥用抗生素
虽然抗生素在治疗疾病方面发挥着至关重要的角色，但杀死细菌的能力并不只是针对于致病菌，体内很多有益菌也难以幸免，从而造成微生态环境发生变化。滥用抗生素可能会引发严重腹泻，原因在于肠道微生态失衡较严重。另外，由于抗生素因素而产生耐药菌，从而扰乱肠道微生态平衡。
2、饮食太精细化
多吃粗粮和杂粮，能让肠道微生物多元化。但精加工食品中含太多食品添加剂，即使添加剂量在安全范围内，不节制的吃同样也会影响肠道菌群。
3、环境太干净
如今，无论是农村还是城市卫生条件大幅度改善，能降低患多种传染病风险。但生活环境过于干净，却降低微生物多样性。身体中微生物不只是局限于有害菌，而且有大量有益菌；生活环境过于干净时，虽然能避免致病菌进入体内，但也会随之减少有益菌种类。
4、压力太大
由远古时代的狩猎采集生活，逐渐过渡到适应现代化城市生活，生理方面可发生翻天覆地的改变，再加上人们的压力越来越大，从而造成肠道微生物种类减少。
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