1、损害肝脏
大部分药物在肝脏中完成代谢和解毒，奥美拉唑也是如此，长时间用该药可增加肝脏负担，可能造成肝功能异常或肝损伤。
2、骨质疏松
长时间服用奥美拉唑可抑制机体吸收钙，降低骨密度，提升患骨质疏松几率。
3、营养摄入不足
奥美拉唑可阻碍胃酸分泌，降低胃酸浓度，影响机体吸收铁、钙和蛋白质等营养物质。长时间服用该药可造成营养物质缺乏，影响身体健康。
4、增加胃肠道感染几率
由于该药可抑制胃酸分泌，降低胃肠道对抗致病菌能力，提高胃肠道感染几率，如肠炎、胃炎、细菌性肠胃炎等。
5、药物依赖性
长时间服用该药也会造成药物依赖性，降低胃酸分泌能力。只要停止用药，会再次出现反酸的情况。
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