消化性溃疡的发生原因主要就是消化道中的消化液对消化道产生了自身消化作用。
胃壁细胞会分泌出两种截然不同的因子，即攻击因子（胃酸、胃蛋白酶），与保护因子（粘液、碳酸氢盐）。
正常情况下，消化道中的攻击因子与保护因子处于平衡状态。但是在致病因素下，就会导致两者失衡，当攻击因子增多，或是保护因子减少时，就会使胃酸、胃蛋白酶与胃、十二指肠的组织直接接触，发生自身消化而出现溃疡。
胃溃疡的发生机制，主要是粘液、碳酸氢盐等保护因子分泌减少，导致胃黏膜屏障受损。
十二指肠溃疡的发生机制，主要是大量胃酸、胃蛋白酶等攻击因子进入了没有黏膜屏障保护的十二指肠。
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