1、生理性原因
第一次来月经、分娩结束后、处于绝经过渡期，由于下丘脑-垂体-卵巢轴功能发生紊乱，进而造成黄体功能不全。
2、原发病
卵泡黄素化未破裂综合征、高雄性激素血症、子宫内膜异位症、高泌乳素血症、甲状腺疾病等，这些全身疾病都有可能造成黄体功能缺陷，导致黄体功能不全。
3、子宫内膜细胞孕激素受体异常
子宫内膜细胞孕激素受体变得迟钝，尤其是对黄体分泌的激素反应性低下，虽然黄体功能正常，但也会影响子宫内膜发育。
4、卵泡发育不良
卵泡颗粒细胞数目异常、卵泡功能分化缺陷，尤其是颗粒细胞膜上促黄体生成素受体缺陷，会造成排卵后颗粒细胞黄素化不良，导致孕酮分泌不足。
5、卵泡生长障碍
促卵泡生成素和促黄体生成素异常，又或是卵泡对促性腺激素并不敏感，卵泡生长发生障碍，颗粒细胞分泌雌激素水平少，无法诱导正常促黄体生成素峰出现，进而造成黄体功能异常。
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