1、恶心呕吐
咽喉内镜检查中最常见的并发症莫过于恶心呕吐，由于操作时可刺激咽喉黏膜或牵拉舌根部，诱发咽部反射而导致恶心呕吐。另外，插管时可刺激咽部喉上神经，同样也会造成恶心呕吐、喉部痉挛，严重时可造成窒息。检查前需对口咽部麻醉，操作过程中应注意动作缓慢，防止咽喉部受到刺激，减轻恶心呕吐。
2、出血
检查时没有好好配合、未规范操作而造成黏膜擦伤；活检和异物损伤黏膜，从而造成出血。少量渗血一般能自行停止，或是喷洒止血药，又或是用肾上腺素棉球压迫止血。如果出现大量出血，还需尽快治疗。
3、麻醉意外
部分患者对麻药不耐受，或是局部吸收太多麻药，再加上过度紧张和恐惧等，极有可能引发麻醉意外。做鼻腔可口咽麻醉时需少量多次给药，与此同时应观察病人反应。一旦出现脸色苍白、呼吸急促、胸闷等应立即停止。
4、心脑血管意外
有基础性疾病者，如慢性肺病、缺血性心脏病等，检查过程中因刺激迷走神经而引发心脑血管意外。一旦出现心血管意外应立即停止，当出现心脏停止时应立即做心脏体外按压且尽快抢救。
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